Sebelum tahun 2002, regulasi industri keuangan di Jerman dilakukan oleh tiga lembaga berbeda. Pada bulan Mei 2002 BaFin dibentuk, menyusul berlakunya Undang-Undang Jasa Keuangan dan Integrasi. Tujuan Undang-undang dan penggabungan tiga lembaga adalah untuk menciptakan satu regulator keuangan terintegrasi yang dapat mencakup semua pasar keuangan. Agen yang bergabung bersama adalah Kantor Pengawas Perbankan Federal, Kantor Pengawas Federal untuk Perdagangan Efek, dan Kantor Pengawas Asuransi Federal. BaFin diberi tanggung jawab lebih lanjut setelah berlakunya Undang-Undang Perbankan pada tahun 2003 dengan tujuan meningkatkan perlindungan pelanggan dan meningkatkan reputasi sistem keuangan Jerman. Kekuatan tambahan termasuk memantau kelayakan kredit lembaga keuangan dan mengumpulkan informasi terperinci tentang mereka. Tanggung jawab khusus ini dibagikan oleh Bundesbank. Saat ini, BaFin sedang mengalami semacam transisi tanggung jawab untuk pengawasan perbankan yang diambil alih oleh Bank Sentral Eropa.